امروزه زیست شناسان و دانشمندان دیگر با دریای عمیقی از داده ها و مجموعه گیج کننده ای از ابزارها برای به کارگیری در آنها روبرو هستند – که بسیاری از آنها نیاز به متخصص دارند. استخدام یک چالش است و می‌تواند ماه‌ها طول بکشد تا پردازش شود… اما LatchBio گزینه‌ای را ارائه می‌کند که می‌تواند باعث شود داده‌های خود را با AlphaFold و دیگر ابزارهای سطح بالا در چند ثانیه مدیریت کنید. این شرکت به تازگی 28 میلیون دلار برای ساخت پلتفرم مناسب خود جمع آوری کرده است.
در اصل، نکته به سادگی این است که همه دانشمندان از نظر داده ها دانشمند نیستند.
آلفردو آندره، یکی از بنیانگذاران و مدیر عامل LatchBio می گوید: «زیست شناسان، همانقدر که در زیست شناسی، پیپتینگ و موارد آزمایشگاهی شگفت انگیز هستند، در برنامه نویسی ضعیف هستند. اما انقلاب در بیوتکنولوژی با افزایش عظیم داده های حاصل از هر آزمایش تقویت می شود.
شاید چند سال پیش امکان پردازش آن با ابزارهای اولیه وجود داشته باشد، اما حجم آن هزاران برابر و بیشتر شده است و هر کشف جدید (مانند توالی‌یابی ژنوم ارزان‌تر یا روش‌های جدید برای اعمال این داده‌ها) آن را بیشتر می‌کند.
“اگر بعد از انجام ویرایش آزمایشگاهی آزمایشی با CRISPR انجام دهید، آن را در یک ماشین Illumina ترتیب می دهید. آندر ادامه داد: یک فایل از رشته RNA و ویرایش‌هایی که انجام داده‌اید به شما باز می‌گرداند – اما یکی از آنها نیست، 10000 مورد است. اگر فقط یک زیست‌شناس هستید، باید استفاده از CRISPResso را یاد بگیرید. از خط فرمان استفاده کنید، وابستگی ها را نصب کنید، داده های مناسب را به او بدهید…”
تنها راه واقع بینانه برای مقابله با این حجم از داده های خام در حال حاضر، انتقال آن به یک زیست شناس محاسباتی است – یک نژاد کمیاب و به ندرت در مدت زمان کوتاهی در دسترس است.
«مشکلی که بارها و بارها دیده‌ایم این است که یافتن این افراد واقعاً سخت است – این مانند 20 زیست‌شناس به یک زیست‌شناس رایانه است. به این ترتیب آنها داده های خود را ارسال می کنند و گاهی ماه ها منتظر می مانند.
آندره و هم بنیانگذارانش، مدیر فنی کنی ورکمن و مدیر عملیاتی کایل گریفین، از فن آوری بالا آمده بودند اما از صنعتی که در آن کار می کنند ناامید بودند.
“در گوگل، ما این خطوط انتقال داده های شگفت انگیز را داشتیم، اما آنها برای تبلیغات بودند. او گفت: «سپس ما شاهد این بودیم که این شرکت‌های بیوتکنولوژی در حال درمان بیماری‌ها بودند، اما آنها بدترین خطوط انتقال داده را در جهان داشتند. پس چرا از همان قدرت و سهولت استفاده موجود در ابزار سطح گوگل استفاده نکنیم، اما برای استفاده دانشمندانی که قادر به نوشتن یک خط کد نیستند، طراحی شده است؟ این هدف پلتفرم Latch این شرکت است که بیش از همه بر سهولت استفاده و انعطاف پذیری تمرکز دارد.
آندر گفت: “شما واقعا باید کار را برای زیست شناسان آسان تر کنید: به ابزارهایی نیاز دارید که به آنها اجازه آپلود را بدهد، سپس آن را به عنوان سه پارامتر پر کنید و روی Run کلیک کنید.” مانند AlphaFold، این یک مدل بسیار سنگین است. ما این را در برکلی دیدیم. آنها به معنای واقعی کلمه هفته ها تلاش کردند تا آن را روی یک کلاستر GPU نصب کنند و نتوانستند. خیلی پیچیده است. ما پلتفرم خود را به آنها دادیم، شما یک توالی اسید آمینه قرار دهید و شروع کنید. داشتیم [genetic sequencing pioneer] خود جورج چرچ روز گذشته – به معنای واقعی کلمه در 30 ثانیه ما او را مجبور کردیم AlphaFold را روی پلتفرم راه اندازی کند.
AlphaFold را روی Latch در چهار مرحله ساده اجرا کنید: اضافه کردن، چند فیلد را پر کنید، روی run کلیک کنید و کارتان تمام شد. اعتبار تصویر: LatchBio
اگر همه اینها برای دانشمندان کمی کودکانه به نظر می رسد … از یکی بپرسید. احتمالاً زیست شناسان اولین کسانی هستند که می گویند نمی خواهند با کد سروکار داشته باشند. دانشمندان خوب افراد باهوشی هستند، اما معمولاً می‌خواهند روی کاری که به بهترین شکل انجام می‌دهند تمرکز کنند، نه اینکه یک رشته جدید را فقط برای درک بهمن داده‌ها بیاموزند. دانشمندان دیگری هم هستند که کارشان همینطور است!
مشکل زمانی به وجود می آید که در نظر بگیرید که رشته های زیست شناسی و بیوتکنولوژی چقدر متنوع هستند. هر دامنه، مانند پروتئومیکس، اپی ژنتیک، و ده ها زیر دامنه زیر هر یک، دارای ابزارها و فرآیندهای نرم افزاری منحصر به فردی است. در حالی که برخی از پلتفرم‌ها و روش‌ها، مانند لپ‌تاپ‌های Jupyter و موارد مشابه، به‌عنوان استانداردهای واقعی در بسیاری از زمینه‌ها ظاهر می‌شوند، آنها افراد بیوانفورماتیک را هدف قرار می‌دهند، نه کسانی که در آزمایشگاه‌های مرطوب از عینک استفاده می‌کنند.
آندر گفت: “زیست شناسی آنقدر پیچیده است که نمی توانید ابزارهای خلاصه ای را که ما برای مهندسی نرم افزار ساخته ایم داشته باشید.” “بنابراین شما وضعیت مرغ و تخم مرغ دارید: زیست شناسان از آن استفاده نمی کنند اگر گردش کار وجود نداشته باشد، و هیچ جریان کاری وجود ندارد اگر مردم از آن استفاده نکنند.”
آنها با خریدن مرغ به قول خودش از این وضعیت خارج شدند. آنها خودشان جریان‌های کاری محبوبی ایجاد کردند و آنها را به زیست‌شناسان دادند، سپس از این بازخورد برای بهبود SDKهایشان استفاده کردند تا بتوانند به انواع محاسباتی با چیزی آسان برای استفاده بروند.
آندر اشاره کرد که جایگزین آن اغلب چیزی شبیه شبیه سازی مخازن GitHub و سایر نوت بوک ها یا ذخیره کد از اسناد و سایت های شخصی است. زیست شناسان محاسباتی نه طمع تنبیه دارند و نه پسرعموهایشان پیپت می شود، بنابراین هر چیزی که کار را برای آنها آسان کند خوش آمدید. افزودن فرآیند آنها به Latch با استفاده از SDK به این معنی است که دانشمندانی که صندوق ورودی خود را پر می کنند می توانند خودشان این کار را انجام دهند.
امید و یکی از اهداف اصلی این جمع آوری کمک مالی این است که جامعه comp bio همچنان به پلتفرم LatchBio متعهد باشد و به شرکت اجازه دهد تا زنجیره را از جریان های کاری محبوب تر به زیرساخت های بیوتکنولوژی موجود در دسترس تر برساند. بسیاری از شرکت‌ها ابزارها و پشته‌های مخصوص به خود را دارند، اما مانند سایر شرکت‌ها اغلب فقط توسط متخصصان اداره می‌شوند. اگر این می تواند تغییر کند، این متخصصان داده های ارزشمند را برای ساختن، نه فقط پیاده سازی، آزاد می کند.
«شرکتی با 50000 نفر در حال حاضر مشتری نیست زیرا صد یا 200 نفر در زیست شناسی محاسباتی دارد. اما اگر فقط این شرکت ها بتوانند آن را بسازند، و شرکت های کوچکتر نتوانند، این امکان وجود دارد. «ما شرکت‌های سری A و B را دریافت می‌کنیم که به تنهایی نمی‌توانند این کار را انجام دهند و از نزدیک با آنها کار می‌کنیم. ما به سرعت در حال رشد هستیم و به زودی این شرکت سری D که شروع به ساخت خود کرده است، اینگونه خواهد شد که “چرا وقتی LatchBio کار می کند این کار را انجام دهیم؟” شرکت ها هزینه زیادی را پرداخت خواهند کرد تا مجبور نباشند آن را در داخل بسازند.
بنیانگذاران LatchBio در آزمایشگاه. اعتبار تصویر: LatchBio
این شرکت انتظار دارد تا پایان سال 1 میلیون دلار ARR داشته باشد و قراردادها در حال انباشته شدن هستند. اما آندره تاکید کرد که این پلت فرم همیشه برای دانشگاهیان رایگان خواهد بود (اگرچه وضعیت صدور مجوز آنها می تواند دردسرساز باشد)، که تمایل دارند به جای هزینه پنج رقمی، یک ماه صبر کنند.
دور 28 میلیون دلار توسط Coatue و Lux Capital میزبانی شد که شامل Hummingbird Ventures، Caffeinated Capital، Haystack و Fifty Years بود.
آندر گفت که آنها امیدوارند نه تنها محصول را بسازند، بلکه بهترین تیم مهندسی نرم افزار در بیوتکنولوژی را استخدام کنند. او در پایان گفت: “من فکر می کنم جوانان از کار در شرکت های بهینه سازی و کمی سازی خسته شده اند – هیچ شرکت بیوتکنولوژی وجود ندارد که در بین بهترین مهندسان نرم افزار در جهان باشد، در حالی که روی مسائل تغییر جهان کار می کند.” به طور طبیعی، LatchBio قصد دارد همین باشد.